Oxford Nanopore开发连接智能的纳米孔测序仪

讯

牛津纳米孔技术公司透露，正在开发一种连接智能使用的纳米孔传感器，用于DNA测序和其他应用中。公司还对其他研发中的新产品进行了介绍。另外，该公司成立了一家分公司，名为GenomeFoundry，关注合成生物学的应用。

开发连接智能使用的纳米孔仪器SmidgIon

公司首席技术官CliveBrown透露，这款新型纳米孔仪器称作SmidgIon，正处于早期研发阶段，预计在2017年末可以投入使用。该产品同样将使用应用于MinIon和PromethIon仪器的核心纳米孔传感技术，但是该仪器将比MinIon更小，每个flowcell中有256个channel，可以连接到智能上或者其他低功率仪器上，用于感应DNA、RNA或蛋白质。

据公司透露，SmidgIon可应用于更加广泛的领域，包括疾病爆发中的病原体监测，分析环境样本或者农业样本，对于野生动植物或木材进行实时物种鉴定。

其他正在开发中的产品

Brown说，另一个处于早期研发阶段的产品称作ProjectZumbador，该产品将生物学样本的核酸提取和文库制备结合但是每种制品所要求的材料特性不1到一个设备中，将在第三季度发布。

公司同时还在研发MinIon和PromethIon上直接进行RNA测序的kits，这项产品计划在接下来的几个月内提供给。公司表示，该产品可利用adapter和马达蛋白控制RNA移位，指导RNA进入纳米孔。Oxford使用这种方法已经对来自人类鼻病毒的RNA进行了测序，并表示直接进行RNA测序可以检测到RNA上的甲基化修饰。

另外一个产品VolTrax是一款样本制备仪器，将在今年秋天提前供应给目前使用Oxford纳米孔测序平台的客户。公司表示，便于操纵首批发布的仪器VolTrax将依附在一个小型USB仪器上，然后附着于MioIon或者PromethIon仪器上。

OxfordNanopore同样还计划不久后实现进口下滑其实不意味着国外装备使用率降落MinKonw平台碱基识别软件的本地使用。

台PromethIon近期已经出货

Brown说，台PromethIon近期已经出货给客户了，他还展示了该平台的一些内部数据，共使用了48个flowcell，每个flowcell中含有3000个channel。使用R9试剂，每个纳米孔每秒测序250个碱基，准确率和小孔利用率都与MinIon一致。该系统目前的性能是运行48小时产生6.2Tb数据，将来会进一步增加至12.4Tb。根据Brown的报告，公司目前正在调试软件用于控制大型数据集的碱基实时识别，优化芯片表面化学试剂以及生产流程，并开发一种快速的碱基识别程序。

全部使用新型纳米孔R9

除此之外，Brown表示，OxfordNanopore已经不再出售R7纳米孔的flowcell，现在已经全部替换成R9纳米孔的flowcell，R9即CsgG，近得到比利时VIB研究所和伦敦大学学院授权。Brown补充道，新型的flowcell还整合了坚固的膜和一个更新的解旋酶马达蛋白。公司使用新的flowcell测序得到的长读长为500kb，目前主要关注于提升通量和同聚物识别能力。

公司在一份声明中指出，R9系统具有更高的准确率，尤其是对于1Dreads，这种reads仅读取DNA的一条链。新型碱基识别软件不同于以往的隐马尔可夫模型，它是基于神经络模型，进一步提升了准确率。R9型flowcell测序时，每个纳米孔每秒测序250个碱基，而R7型每秒多测定70个碱基，因此公司表示换用R9型flowcell后MinIon将产出更多的数据。Brown说，目前1Dreads的准确率为90，2Dreads准确率为95。

与R9型flowcell配套，公司正在推出一种快速测序kit。用该kit建库只需要10分钟，而且使用的耗材比以前更少，MinIon运行开始后马上进行数据分析。公司声明中表示，目前许多早期客户正在测试这款快速测序kit，它将很快推出市场。

成立分公司GenomeFoundry

Brown后提到了OxfordNanopore的一家新的分公司GenomeFoundry，该公司旨在开发一种用于合成生物学的MinIon，使用专有的、非亚磷酰胺的DNA合成试剂。公司的目的是为了使用类似于VolTrax的仪器开发长链DNA分子。